אוניית מכולות (באנגלית: Container ship) היא אונייה המובילה מטענים המאוחסנים במכולות תקניות. אוניות המכולות מהוות חוליה מרכזית במערכת התעבורה, המשמשת להובלת מטען כללי ברחבי העולם,